A história é sobre um grupo de estudantes universitários unidos por seus hobbies em comum e suas experiências no mundo dos aficionados. A trama começa com a chegada de Kanji Sasahara, um calouro tímido e inseguro, à universidade de Shiou. Ele deseja se juntar a um clube que aprecie de verdade o que ele é: um “otaku”. Nessa busca, o jovem conhece Kôsaka, um otaku de longa data, que o convida para conhecer seu grupo de estudos de cultura pop, o Genshiken. Ali, o rapaz conhece outras pessoas com os mesmos interesses que ele. Nada poderia dar errado, não é?